Die Region Thesprotia hält für ihre Besucher ein reiches religiöses Erbe bereit, das untrennbar mit ihrer jahrhundertelangen Geschichte verbunden ist. Dutzende Kirchen, Klöster, kleine Kapellen und Kultstätten für Einheimische und Besucher, wovon einige historische Denkmäler aus dem 15. und 16. Jh. oder sogar noch älter sind.
Das Kloster Panagia Paramythia wird auf die 2. Hälfte des 13. Jh. datiert und verlieh der gleichnamigen Stadt ihren Namen. Über die historische Entwicklung des Klosters sind nicht viele Informationen erhalten. Laut Überlieferung wurden hier für kurze Zeit die Reliquien von Agios Spyridonas und Agia Theodora während ihrer Überführung von Konstantinopel nach Korfu aufbewahrt. Außerdem wurden hier die sterblichen Überreste von Agios Athanasios aus Parymythia beigesetzt. Herausragend unter den erhaltenen Wertgegenständen ist ein goldbestickter Epitaph aus dem Jahr 1587, ein Werk des Mönchs Arsenios.
Im Zentrum von Paramythia thront die Metropolitische Kirche Agios Donatos, eine jüngere Kirche, in der ein Teil der Reliquien von Agios Donatos, dem Schutzpatron von Thesprotia, aufbewahrt werden, dessen Andenken jeweils am 30. April und 29. September gefeiert wird. In der Nähe von Paramythia ist zudem das Kloster Pagania besonders zu erwähnen, das 1652 vom Mönchspriester Ioakim errichtet wurde und mit interessanten byzantinischen Wandmalereien geschmückt ist.
Das Kloster Gyromeri befindet sich im Grenzgebiet der Präfektur Thesprotia, acht Kilometer nordöstlich der Stadt Filiates, in der Nähe der griechisch-albanischen Grenze, und wurde an den Westhängen des Berges Farmakovouni auf einer Höhe von ca. 300 m errichtet. Das Kloster wurde vom Heiligen Neilos Anfang des 14. Jh. (zwischen 1310 und 1320) gegründet, in der Blütezeit des Despotats Epirus, und war ein bedeutendes klösterliches Zentrum. Es handelt sich um eines der wenigen Klöster in Epirus, die auch heute noch bewohnt und in Betrieb sind. Im Kloster sind mehrere Wertgegenstände erhalten, die von der Bedeutung und ruhmreichen Geschichte des Klosters zeugen.
Interessant sind zudem die Klöster Agios Donatos und Agia Paraskewi Kougiou im historischen Souli sowie das Kloster Ragios auf der Strecke von Igoumenitsa nach Sagiada, das Mariä Himmelfahrt geweiht ist und 1865 auf Initiative von Abt Nathanail restauriert wurde. Das Kloster ist heute in Betrieb und für Besucher geöffnet.
In religiöser sowie landschaftlicher Hinsicht interessant ist zudem das Asketarion von Agios Arsenios, das sich in einer Höhle im Berg Erimitis (518 m) nordöstlich des Dorfes Morfi befindet, von wo ein Pfad zur Einsiedelei führt. Sein Andenken wird am 8. Mai gefeiert, und anlässlich dessen versammeln sich alljährlich zahlreiche Pilger in der kleinen Klosterkapelle.
Erwähnenswert ist zudem, dass die Heilige Metropole von Paramythia Filiates, Gyromeri und Parga rund 150 Kirchen und mehr als 700 kleine Landkirchen und Kapellen zählt.